糧食烘干塔的堵塞物主要是系統中的一些機械雜質，物料中大顆粒輸送過程中的結晶物或料液粘度超過輸送極限，如果是烘干塔完全堵塞，可以從兩個現象判斷：一是高壓泵的壓力突然提高，二是塔口溫度明顯升高。如果塔體部分堵塞或不能完全烘干，高壓泵的壓力變化并不明顯，但出口氣體溫度會明顯提高，不論發生哪一種情況，都必須及時處理，否則會產生大量廢料，甚至還會引發其它故障。
對于防止糧食烘干塔堵塞的問題一般采取以下幾種方法：
(1)選擇合適的過濾機過濾機是過濾料液中雜質的設備，過濾機篩網的選擇要與糧食烘干塔人口通道和孔徑相適應，通常選擇過濾機的網孔直徑是糧食烘干塔入通道或孔徑的0.2倍即可。
(2)設置監視機在可以觀察到烘干狀態的位置設置攝像裝置，然后將烘干狀態及時傳遞到控制室的監視機上，使操作者及時掌握烘干狀態，出現故障可以及時發現。
(3)采用氣流壓力或復合糧食烘干塔此糧食烘干塔兼有氣流和壓力式的雙重功能，開車時高壓泵的壓力還沒有達到烘干壓力時用壓縮空氣進行烘干，待高壓泵正常工作時停止壓縮空氣。同理，如果因某種原因出現烘干不止常時也采取這種方法防止出現濕料，此方法是處理故障的附加手段。
(4)采用糧食烘干塔的快開結構糧食烘干塔的定位采用卡制的方法，不需任何工具在瞬間就能非常方便的裝拆糧食烘干塔部件，不但操作方便，而且為處理故障節省許多時間。
